液質聯用氮氣發生器的工作原理是分離空氣，電解膜的負極側發生氧化反應，吃掉空氣中的氧化性氣體，在正極側還原，空氣流過電解池后就只剩下氮氣和惰性氣體，故國內發生器的純度大多標有“相對含氧量”，氮氣的純度和空氣流速，有效分解面的長度，電解電勢的強弱都有關系，這種分離方法也決定了氮氣的純度不可能做的很高。加入電解質的作用就是提高水的導電率，使電化學反應能順利進行。
液質聯用氮氣發生器的氮氣主要供給離子源，主要是幫助脫溶劑。有些可以開一道反吹氣、吹掃氣、簾氣什么的抗污染的氣。但是：其實做靈敏度測試指標時，大家又傾向于用更穩定的氮氣流。當然是氣瓶，然后是液氮罐、zui后才是發生器。
液質聯用氮氣發生器的工作原理是通過空氣壓縮機將外界的空氣收集到儲氣罐中，再將空氣通入電解分離池，氮氣和氧氣在電解池內產生分離。氧氣被釋放到大氣中，氮氣經過凈化、干燥后輸出。儀器通過系統壓力可以自動調節氮氣輸出量，并迅速穩定。
值得提醒的一點是：液質聯用氮氣發生器只能在實驗室內或實驗室外很近的位置采集空氣作為氣源，而實驗室內空氣經常是受到污染的，其中的有機溶劑含量因為實驗前處理過程等原因不可避免的超標。
液質聯用氮氣發生器的標稱純度也不過98%，和鋼瓶氮氣的純度沒法比。所以氮氣發生器尤其是國產的在色譜實驗中是個雞肋型的產品，其純度無法達到GC分析的要求。
